"След Първата световна война македонските бежанци в България възстановяват или учредяват множество организации. Някои имат кратковременен живот, заради партийна обвързаност, други – между които Съюзът на македонските братства (от ян. 1923 г. Съюз на македонските емигрантски организации), Илинденската организация и Македонският младежки съюз, са дълготрайни. 

Те имат пълноценен организационен живот, създават мрежа от структури в страната. Сред приоритетите им са взаимоспомагателната и благотворителната дейност. Формациите „подават ръка“ на изстрадали сънародници, които нямат средства, работа и дом. Съдействат и на държавните органи за тяхното посрещане, настаня- ване и оземляване. 

Пропагандата е друг акцент от тяхната дейност. Ръководните им тела изпращат изложения до Обществото на народите, до политици, общественици, интелектуалци и др. представители на велики- те сили. В тях с приложени аргументи те протестират срещу клаузите на Ньойския договор (1919), оставили многочислено българско население в Македония под денационализаторските режими на Белград и Атина. Формациите издигат и политически искания, обявяват се за създаване на независима държава – Македония, с равно участие в управлението ѝ на всички населяващи я народности. 

Пропагандира се и идеята за Бал- канска федерация. Не е забравен и идеалът за присъединяване на цяла Македония към България, но в годините на покруса след Голямата война той остава на заден план като нереалистичен. През есента на 1923 г. започва свое летоброене нова формация, без аналог в многообразието от бежански организации, учредени след 1918 г. Идеята официално е представена на 23 септември, когато по инициатива на двама членове на Щипското благотворително братство в София – Спиро Константинов и Диаманди Колев, са свикани интелектуалци, родом или с потекло от Македония. 

Събранието е в аудитория №45 на Софийския университет „Св. Климент Охридски“. На него Сп. Константинов изнася реферат, в който развива своя стара идея за основаване на Македонски кул- турен институт и ползата от подобно сдружение. След обстойна дискусия дейците одобряват предложението за създаване на нова организация, избират 12-членен временен управителен съвет, който да подготви нейното учредяване, и лица за основатели..."

В конце 1923 г. в Софии была создана новая организация македонских болгар, не имеющая аналогов по сравнению с другими формированиями беженцев, – Македонский научный институт (МНИ). 

Несмотря на малочисленность, новая организация включала в себя некоторых из наиболее видных представителей болгарской научной и общественной элиты, большинство из которых являлись уроженцами или выходцами из Македонии. Основной целью МНИ являлась защита болгарского характера историко-географической области Македонии с помощью научных аргументов. 

Этой цели подчинялись интенсивная издательская деятельность Института, его активность на международном уровне в защиту болгарского национального дела и привлечение иностранных ученых в качестве членов, которые своими работами способствовали популяризации культурно-исторического наследия болгар в Македонии. 

После государственно-политических перемен в Болгарии осенью 1944 г. новые управляющие поддались давлению со стороны Советского Союза и новой коммунистической (Титовской) Югославии и приступили к «самороспуску» всех организаций македонских беженцев. Это логически привело к закрытию Македонского научного института в 1947 году.